口感带来“门槛”，认知存在偏差
保健酒在酿造过程中加入了药材和许多营养物质，药味较为浓厚，口感具有一定的壁垒，大多数消费者尤其是年轻一代消费者对其接受程度不高。另外由于保健酒的消费群体带有中老年、工作压力大、有微弱不良病状等特征，大部分消费者将保健酒等同于药酒，认为保健品治病更甚于养身，形成了“健康的人不用补，不健康的人不敢乱补”的认知。
还有部分消费者甚至直接将保健酒视为西药类药品，对其有了“紧急治病”的效用期待，若饮用后效果不明显便对其产生效用怀疑。而虚假广告、虚假产品的出现更是摧毁了消费者微弱的信任，使得保健酒的处境越来越尴尬。
缺乏标准化界定，产品定位不准
现今为止，整个行业对于保健酒都没有一个明确的定义。广义上，添加了某些药材原料，喝后能达到某种功效，对人体有保健作用的酒，都可以称之为保健酒，保健酒始终没有一个属于自己的标准。这使得行业内鱼龙混杂，产品推广也存在难度。
品类的模糊也导致了其功能的模糊。不少企业为了扩大产品的销路，把保健酒的保健功能定位很广，在传播上夸大其词，强调产品的药用效果，甚至百病皆治。还有一些企业“剑走偏锋”，在保健酒内添加西地那非(俗称伟哥)成分，使得保健酒口碑严重下滑。
这种将保健酒作为药品并扩大功效外延的诉求，严重影响整个保健酒行业的发展。出于生命健康的考虑，消费者对保健酒的选择越来越谨慎，“宁错杀一千，不放过一个”的消费心理，使得保健酒的生命周期越来越短暂。
品质参差不齐，产品同质化严重
保健酒行业大大小小的酒企3000多家，在3000多家保健酒企业当中，拿到“蓝帽子”标识的不到20%。超过80%的大多数，基本是中小保健酒企业在浑水摸鱼。发展规模、生产工艺的参差不齐，使得其质量忽高忽低，品质无法保证。
且不同于白酒行业的制作工艺复杂，保健酒技术难度低、资金投入低、进入门槛低的“三低”特性，使得大批企业蜂拥而入。但保健酒市场尚不成熟，大量企业的涌入使得保健品行业“拥挤不堪”。与此同时，除了行业内较为知名的品牌，如劲酒、椰岛鹿龟等之外，绝大部分产品大同小异。其中壮阳、强身健体、抗免疫、抗疲劳的诉求点占到80%以上，同质化十分严重。
消费场景受限，成功品牌较少
大部分保健酒将目标消费群定位于中老年人，这部分人群的消费习惯主要是家庭饮用，多频次，少数量是主要特色。其适用场景相对小众，量也不足。不像白酒、啤酒、葡萄酒等自带餐饮、宴会等场景化特性。保健酒的场景受限，很难营造出能够替代的饮用气氛，且用于送礼也考虑对象与场合的局限。
保健酒很难火爆于市场的一个重要原因就是 消费场景的受限与消费群体定位的偏差。在众多品牌中，享有一定知名度的只有劲酒、椰岛鹿龟等品牌，成功品牌相对较少。保健酒缺乏龙头企业的引领，产品升级难、提价难，且很难进入高端市场，发展空间存在局限。
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